История МБОУ СОШ № 41 начинает свой отсчет с приходского училища, открытого в станице Бессергеневской в 1891 году при содействии войскового старшины С.Н. Денежникова. Заведовал школой священник Василий Попов. При содействии станичного атамана Еремеева М.Л. была открыта школа грамоты для девочек. Учительствовал в школе грамоты диакон Иоанн Колпиков. 

В 20-30-х г.г. ХХ века в станице функционировала начальная четырехклассная школа. Во время Великой отечественной войны занятия в школе временно были приостановлены, так как на территории станицы велись военные действия.  

С 1946 г. школа стала семилетней общеобразовательной № 28 Новочеркасского РОНО. С 1962 по 1964 г.г. – восьмилетняя школа № 28. С 1964 года – восьмилетняя школа № 41 Октябрьского (с) района. 

В 1974 году в станице Бессергеневской было построено новое здание школы. Приказом по РОНО № 152 от 22 мая 1974 года восьмилетняя школа № 41 была реорганизована в среднюю школу № 41.

1 сентября 2003 года при поддержке ВКО ВВД школе присвоен областной статус казачьего образовательного учреждения.

В 2008 году школа получила статус областной экспериментальной площадки по Основам православной культуры